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La FICF centra su actuación de investigación en la farmacoepidemiología, y ésta ha sido una de sus principales actividades.

La FICF, fundadora del Sistema Español de Farmacovigilancia (SEFV) en el año 1983, lleva a cabo la ejecución del Programa de Farmacovigilancia en Cataluña y es el Centro de Farmacovigilancia de Cataluña.

La FICF investiga la efectividad del uso de los medicamentos y los problemas de toxicidad derivados de su utilización en la práctica clínica habitual. Esta actividad incluye la farmacovigilancia, la coordinación de estudios sobre enfermedades específicas, y la realización de EUM - Estudios de utilización de medicamentos.

En el área de Ensayos Clínicos y metaanálisis el Servicio de Farmacología clínica evalúa los protocolos de ensayos clínicos presentados en el Comité Ético de Investigación Clínica del Hospital Universitari Vall d'Hebron (HUVH). En colaboración con otros servicios e instituciones se desarrollan ensayos clínicos de promoción independiente.

La FICF forma parte de la red ENCePP (European Network of Centres for Pharmacoepidemiology and Pharmacovigilance) de la Agencia Europea del Medicamento (EMEA) y también del projecto PROTECT, un consorcio público-privado europeo, coordinado por la EMEA, en el que participan 15 centros públicos, 11 compañías farmacéuticas, una asociación de pacientes y dos PIME. Además, forma parte de la Fundació Institut de Recerca Hospital Universitari Vall d'Hebron (FIRHUVH), en la que constituye un grupo de investigació transversal.

La FICF, además, realiza actividades de soporte a la investigación, para facilitar y promover la investigación clínica en todas las areas hospitalarias y en el ámbito correspondiente de atención primaria a través de la Unidad de suporte en Métodos para la Investigación Clínica (USMIB) y del Servicio de Asesoría a la Investigación en Atención Primaria (SAIAP).

La FICF ha coordinado diversos estudios sobre el uso terapéutico del cannabis.